Hodnotenie prihlášok je založené na fundovanom a objektívnom peer review systéme, pričom každú prihlášku posudzujú 3 hodnotitelia, z toho minimálne jeden zo zahraničia.
Hlavnými kritériami hodnotenia sú excelentnosť navrhovaného pracovníka a projektu, ako aj možnosť financovať projekt z iných zdrojov.
Priebeh celého hodnotiaceho procesu, vrátane konkrétnych kritérií spolu s ich váhovaním, je možné nájsť v Pravidlách Programu Štipendium SAV pre hodnotiteľov.